Toimintajärjestelmä on työkalu oppilaitoksen laatu-, ympäristö- ja turvallisuusasioiden (LYT-asiat) hallintaan ja kehittämiseen. Sen tavoitteena on näiden näkökulmien huomioon ottaminen johtamisessa, opetuksessa ja arkikäytännöissä. Oppilaitos voi lähestyä asiaa myös kestävän kehityksen ekologisen, taloudellisen, sosiaalisen ja kulttuurisen näkökulman kautta. Se voi laatia kestävän kehityksen ohjelman, joka kattaa opetuksen ja arkitoimintoihin liittyvät asiat. Ohjelma voidaan liittämistä osaksi toimintajärjestelmää sekä laatu-, ympäristö- ja turvallisuustyötä.
Toimintajärjestelmän perustana on jatkuva parantaminen, joka selkeyttää ja järkevöittää oppilaitoksen kaikkea toimintaa. Sen avulla voidaan saavuttaa kustannussäästöjä, kohottaa oppilaitoksen imagoa sekä kehittää toiminnan ja oman työn laatua. Toimintajärjestelmä sisältää kaikki oppilaitoksen laatu-, ympäristö- ja turvallisuusasioiden tai kestävän kehityksen näkökulmien hallintaan liittyvät asiat. Näitä ovat muun muassa kehittämistarpeiden tunnistaminen, tavoitteiden asettaminen, toiminnan ohjaus sekä seuranta ja arviointi. Lisäksi järjestelmään kuuluvat mm. tarvittavat ohjeet, sisäinen ja ulkoinen viestintä, henkilöstön ja oppilaiden koulutus sekä yhteistyö sidosryhmien kanssa.